E törésvonalak mentén a mélyből láva tört fel, létrehozva azt a rétegvulkáni hegycsoportot, ami a későbbi Börzsöny és a vele ekkor még egységes egészet alkotó Visegrádi-hegység őse volt. A pannon időszak kiédesedű vizű tengeréből, kb. 10 millió évvel ezelőtt, a Pilis és a Visegrádi-hegység már szigetként állt ki. A hegy több rendkívüli sziklaképződményt (Vaskapu, „Simon halála”) tartalmaz és több érdekes barlangot ( Ősi-barlang, Ajándék-barlang, Indikációs-barlang, Ördöglyuk) valamint egy 3700 méter hosszúságú barlangrendszert, a Legény-Leány barlangot rejti magában.

Csodálatos, hogy itt találkozik és keveredik az ökológiai dél az északi formációkkal. Itt van sok mediterrán jellegű növény elterjedésének északi határa, de már megtalálhatók az Északi-középhegység erdeinek növénytársulásai is. Ezt egészíti még ki az a természetes változatosság, amit a tengerszint feletti magasság változásával 300 méterenként tapasztalhatunk. Így alakulhatott ki az a rendkívüli biológiai sokszínűség, amely miatt a Pilis hegy egyike a legrégebben védett magyarországi helyeinknek, és ami miatt valóságos paradicsoma a biodiverzitást kutatóknak.

Néhány száz méteren belül csodálhatjuk meg a védett növények sokaságát, a jégkorszakban itt megtelepedett, és azóta itt élő és fennmaradt ritkaságokat, a trópusi rokonaiknál kisebb, de ugyanolyan szépségű orchideafajtákat, és földünkön egyedül itt, a Pilis fennsíkján megtalálható magyarföldi husángot. Oldalát tölgy-, bükk-, gyertyán-, és fenyő erdők borítják, melyekben a somon, szedren és vadmálnán kívül különféle gombák tenyésznek.

A buja és változatos növényvilágot szintén sokszínű állatvilág lakja. Kezdve az olyan érdekes rovaroktól, mint a fűrészlábú szöcske, amely igen ritka, és csak női egyedei ismertek; vagy a bogarak királya a hatalmas agancsú szarvasbogár, vagy a kétéltűek közül hatalmas méretűre megnövő barna varangy. Kirándulásaink során nem kell félnünk a viperától (a rézsiklóval téveszthetjük össze), mert itt csak siklók, lábas és lábatlan gyíkok élnek. A réteket és az erdőket számtalan énekesmadár zengi be, de megtalálhatók a kisebb (vércse, sólyom) és nagyobb (sas, ölyv) ragadozó madarak, és az erdőbe sokszor varázsol horrorisztikus hangulatot a macskabagoly. A nagyobb vadak közül nem ritka az őz, szarvas, mufflon, vaddisznó, nyúl, róka, borz, nyest, menyét és a görény sem.